公立医院占全国医院总数的85% 以上，是我国医疗卫生服务体系的主体，导致“看病难、贵” 的主要原因是公立医院运转机制存在缺陷。因此，解决“看病难、贵” 必须首先从改善公立医院的运转机制着手。
一、公立医院运转机制存在的重大缺陷，经费补偿机制不健全
首先，改革开放以来，各级政府对公立医院的补偿由全额补助过度到差额补助，再到部分项目补助，直至主要依靠医院自身向社会提供医疗服务获取经济收入。如南京地区两所三级甲等医院尽管每年可以从政府获得较多的项目补助经费（维持医院正常运转的费用），但也仅占总支出的5~10%，其余则必须从医疗服务中，也就是从患者的医疗缴费中获得。其中，药品收入占50%~60%；仪器检验收费占20%~30%，医疗技术服务收费占10%~15%。显然，药品收入和仪器检验收费是医院收入的主要来源。在医患关系中，医务人员具有专业技术优势，患者在很大程度上完全依赖医生，如果医生从“经济人” 利益出发，完全可以把花钱多、赢利高的治疗方案推荐给患者，损害患者利益。
其次，长期以来，国家政策上允许医院以批发价进药，以零售价出售给患者，从中获得15% 的差价补偿。在这种情况下，若疗效相同，医院当然愿意使用高价药，而药品生产企业由于采用返还回扣等手段推销药品，药价进一步虚高，患者利益严重受损。虽然国家从1997 年至今已经连续13 次下调药价，但百姓并未从中得到太多实惠。
再次，不必要地滥用各种医疗检查手段，撒大网式地开列甚至连医生自己都不能正确解释其临床意义的化验单等。以核磁共振和CT 配置为例，在西方发达国家，大约每300万~500 万人口才配置一台。相比之下，我国是世界上大型医疗设备配置密度最高、而阳性检出率最低的国家，个中原因不言而喻。
（二）自我约束机制逐步淡化。十几年前，老院长们反复强调的“诊断确诊时间”、“诊断符合率”、“治愈率”，“单病种医疗费用”、“医生别同病种医疗费用比较” 等，现在因不合适宜而销声，加强管理、提高医疗质量、降低医疗成本的规定形同虚设。
（三）社区医疗机构数量少，水平低，加之不符合报销规定等原因，城乡患者大量涌向公立医院就诊，客观上加剧看病难度，也让一些大医院在医患关系中始终处于强势地位。
二、改进公立医院运转机制缺陷的建议
（一）政府逐年增加对公立医院的投入。
我国对医疗卫生事业的投入占GDP 的比例在世界上是比较低的，而公益性的特性客观上要求公立医院的发展必须主要依靠政府的财政支持，不能过分强调以市场为主导。建议通过立法确保政府对公立医院的投入所占GDP的比例，并视经济发展状况逐年增加，条件许可时应列入年度财政报告，并予公布。另外，政府对公立医院的财政拨付应主要投入到医保基金中去，形成政府财政、用人单位和个人共同承担医保基金的局面，让参保人直接受惠。这也符合2000 年国务院关于推进医疗保险制度的改革目标，并为公务员及事业单位有关人员进入医保铺平道路。同时，政府对公立医院的项目资助应与上述款项分开，并视可支配的财力以及社会对公立医院的实际需求确定。项目资助要有公开的论证程序。
（二）、尽快建立提高医疗质量、降低医疗成本的约束机制
政府主管部门要按不同地区提供近三年来医疗某一疾病的社会平均价格，以作为医保或保险公司付给医院的依据，为按病种拨付创造条件，并鼓励非公立医院按照政府对公立医院的要求接受医保规定的目录治疗病人，推动医疗市场的有序竞争。政府主管部门要成立由专家组成的非盈利性公立医院管理监督机构，按10% 或5% 的比例，定期和不定期抽查公立医院（包括接受医保的非公立医疗机构）诊断符合情况，如发现有错误诊断而骗取医疗费用者，按骗取费用的10 倍（10% 抽样）或20 倍（20% 抽样）从该医院医保拨付总额中扣除。政府主管部门在公立医院自愿的基础上推动成立地区性医院协作组织，统一从药厂和医疗器械生产厂家直接进货，降低医疗成本。
（三）、大力发展城市社区卫生服务体系
一是继续完善社区医疗服务网点建设，尽快提高社区卫生服务水平，以优惠的政策鼓励优秀的人才到社区工作。大学毕业生到社区卫生机构工作，应享有分配到医院工作的同等待遇。社区卫生服务应进入医保。二是逐步建立社区卫生服务机构和医院双向转诊制度，从制度上保证所有的病人先进社区卫生服务机构，确有必要的，由社区医师与三级医院的专科医师联系，专科医师在会诊或治疗后再与社区医师联系。这一双向转诊制度既可以充分发挥社区医疗机构的作用，大大降低医疗成本，又可以大大减轻大型公立医院承接小病治疗的负担，在西方发达国家已被证明是行之有效、效率高、成本低的好办法，值得借鉴。
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